Разнообразно представлены в музее работы классиков группы «Новые художники» (создана в 1982): Тимура Новикова (1958–2002; «Елочка», 1992), Иван Сотникова (1961–2015), Владислава Мамышева-Монро, Евгения Козлова, Сергея Бугаева (Африки), Андрея Крисанова (1966–2018), Олега Котельникова. Все они тяготели к синтетическим формам искусства, создавали театральные спектакли, сочиняли музыку, стихи, снимали фильмы. Живопись и графика членов группы – лишь часть их творчества, смело выходившего в другие сферы. Они обращались к постановочной фотографии (Владислав Мамышев-Монро), создавали объекты, работали с текстилем (Тимур Новиков, Сергей Бугаев-Африка), перерабатывая массовые клише.
В петербургском разделе музейной коллекции эпизодически нашлось место и для произведений более молодой генерации художников – живописи Марины Колдобской, масштабных фотографий Ольги Тобрелутс.
Московский «нонконформизм», наиболее известный и изученный, невероятно разнообразный и многоликий, представлен в коллекции музея как самыми крупными именами, так и скромными, малоизвестными. Сочетание разных традиций, направлений творчества позволили объединить в собрании, например, работы советского театрального классика Александра Тышлера (1898–1980) («Свечи», 1964), живопись Элия Белютина (1925–2012; «Прыжок», 1973) и учеников его студии – Лидии Мастерковой (1927–2002; «Композиция», 1973), Оскара Рабина (1928–2018; «Пейзаж с мусором», 1979) и многих других.
Индивидуальность творческих личностей, переплетение сообществ, находившихся на близких или диаметрально противоположных позициях, делает процесс изучения московских практик (как, впрочем, и ленинградских–петербургских) на материале коллекции интересным, но и сложным. Не каждый художник показан значительными работами и важными периодами творчества, но совокупность имен и произведений позволяет выстроить любопытные связи, заметить новые детали, отметить нюансы. Формальными и содержательными особенностями выделяется живопись 1960-х годов Бориса Боруха (1938–2003; «Пасхальная композиция», 1962), Бориса Биргера (1923–2001; «Портал», 1968), Евгения Кропивницкого (1893–1979; «Памяти Сезанна», 1966). 1970-е годы отмечены своеобразными работами Игоря Вулоха (1938– 2012; «Пейзаж», 1970), Юрия Васильева (MON, 1925–1990; «Начало гибели», 1975), Бориса Бича (1946–2018; «Композиция», 1977), Сергея Бордачева («Пробуждение», 1979).
Коллекция даёт живой и яркий материал для сравнения, изучения эволюции стилистики признанных авторов на протяжении нескольких десятилетий: Игоря Макаревича («Суперматизм 5», 1990-е), Анатолия Слепышева (1932–2016; «Дорога к дому», 1989), Бориса Свешникова (1928–1998; «Полевой крест», 1995), Олега Целкова (1934–2021; «Двое с зеркалом», 2017), Владимира Немухина (1925–2016; «4 туза», 2006), Александра Юликова («Композиция с чёрным и жёлтым квадратом», 2000-е) и других.
Графический состав московской части коллекции знакомит с важными именами, но в более камерном формате. Уникальность рисовальных техник, концентрированно передающих авторскую индивидуальность, ощутима в концептуалистских листах Ильи Кабакова («Человек», 1978), экспрессивных гуашах Анатолия Зверева (1931–1986; «Кони», 1984), пастельных композициях Владимира Янкилевского (1938–2018; «Композиция», 1990), Никиты Алексеева (1953– 2021, «Трещины на асфальте, 1991). Одновременно тиражность печатной графики добавляет разнообразия и понимания художественных особенностей творчества знаменитых мастеров: Леонида Ламма («Записки из мёртвого дома», 1978, литография), Дмитрия Плавинского (1937– 2012; «Собор с летучей мышью», 1972, офорт), Эдуарда Гороховского (1929–2004; «Автопортрет со знаком», 1974, литография), Эрика Булатова («Слава КПСС», 1994, литография), Эрнста Неизвестного (1925–2016; «Метаморфозы», 1980-е, литография), Михаила Гробмана («Ангел смерти», 1980-е литография, ручная авторская раскраска), Гриши Брускина («Чёрная дыра», 1980-е, литография), без которых невозможно представить историю московского андеграунда.
Изящным дополнением коллекции стал фарфоровый «нонконформизм» – особая сторона творчества неофициальных художников 1980–2000-х годов, опирающаяся на авангардную агитационно-массовую классику. Это тарелки с росписями Владимира Немухина, Виктора Пивоварова, Владимира Янкилевского, Олега Целкова и других художников, транспонировавших в декоративный материал характерные для их живописи приёмы и образы.